De los 128 diputados que conforman el Congreso Nacional hondureño, 111 votaron en contra de restituir a Manuel Zelaya en la presidencia, frente a sólo 14 de votaron a favor y tres que no emitieron su voto por no estar presentes. De las dos fuerzas mayoritarias en el legislativo de Honduras, el Partido Nacional de Porfirio Lobo se posicionó en bloque contra la vuelta del ex presidente y en el Partido Liberal, con el que Zelaya había alcanzado la jefatura del Estado, esa fue la postura mayoritaria.
Los cuatro organismos que, en virtud del Acuerdo de Tegucigalpa-San José, tenían que emitir sus dictámenes, no vinculantes, presentaron sus conclusiones antes de iniciar la sesión. La Corte Suprema de Justicia, el Ministerio Público, la Procuraduría General de la República y el Comisionado de los Derechos Humanos coincidieron en oponerse por diversos motivos a la restitución. Entre las causas aducidas estaba la fragante violación de la Constitución cometida por Manuel Zelaya al intentar convocar una consulta con el objetivo de buscar que se le permitiera presentarse a la constitución. El mandatario depuesto tiene varias causas pendientes con la Justicia.
Frente a las protestas de Zelaya desde hace semanas, el Acuerdo de Tegucigalpa-San José que él aceptó no obliga a su restitución. Tan sólo imponía que el Congreso Nacional votara sobre si volvía a la presidencia o no. Por lo tanto, las partes en conflicto debían aceptar el resultado de dicha votación. Sin embargo, Zelaya se muestra una vez más dispuesto a prolongar la crisis y a no respetar el pacto que aceptó de forma voluntaria. Nada más conocerse los resultados de la votación dijo que son una "vergüenza" y llamó a "no parar de luchar contra la dictadura".